Храм, строительство которого предполагалось вести из камня, был заложен 15 сентября 1846 года как однопрестольный в честь рождества Иоанна Предтечи. При храме также планировалось возвести колокольню. Главным меценатом строительства выступил екатеринбургский купец Е. А. Телегин. По завершении строительства 12 сентября 1860 года храм был освящен епископом Екатеринбургским Варлаамом. В 1886 году по благословению епископа Екатеринбургского Нафанаила были заложены два придела. Северный, Никольский, был освящен 27 декабря 1887 года, а южный, во имя иконы Божией Матери «Утоли моя печали», - 3 июня 1888 года.
До 1930-х годов в храме шла обычная богослужебная жизнь. С приходом к власти большевиков многие священнослужители Иоанно-Предтеченского храма были репрессированы. Но храм на Ивановском кладбище не закрыл свои двери для прихожан. Почти треть века Иоанно-Предтеченский храм, выстоявший в годы большевистского лихолетья, оставался главным храмом Урала. Иоанно-Предтеченский храм стал Кафедральным собором. Многие екатеринбуржцы здесь крестились, венчались, отправлялись отсюда в последний путь. В течение десятилетий многие оставались и остаются верными прихожанами старого храма во имя Святого Предтечи и Крестителя Господня Иоанна.